Predtým pôsobil, podobne ako Dobroslav Trnka, ktorý ho do funkcie navrhol, na vojenskej prokuratúre. Spoločne robili v tíme, ktorý vyšetroval napríklad prípad bývalého šéfa ŠtB Alojza Lorenca, novembrové udalosti na Národnej triede v Prahe v roku 1989 a neskôr aj odpočúvanie exministra hospodárstva Pavla Ruska.

Pri voľbe Kováčika podporila väčšina parlamentných strán, získal 118 hlasov. Široká podpora mu podľa Roberta Kaliňáka dávala „mandát byť apolitickým špeciálnym prokurátorom bez akejkoľvek previazanosti“. O Kováčikových odborných a morálnych kvalitách sa pochvalne vyjadroval aj Daniel Lipšic.

Kým v prvých piatich rokoch vo funkcii podal Kováčik dvanásť obžalôb, od roku 2009 to nebola ani jedna a získal prezývku Pán 61 : 0. Medzi veľkými prípadmi, ktoré si špeciálny prokurátor pridelil, bola napríklad kauza Bašternák, prípad hlasu podobného premiérovi Robertovi Ficovi či kauza Gorila. Ani v jednej z nich sa nikoho nepodarilo potrestať.